1.电子发票实施难：电子发票的实施会触及很多人的利益，比如一些中小企业的财务人员对电子发票的认知有限，缺乏相应的技术能力，需要投入大量的人力、物力和财力。

2.存在欺诈风险：电子发票的欺诈难度高于纸质发票，因为电子发票具有可追溯性和不可篡改性，可以更好地规范财务管理。

3.对软件的依赖程度高：很多企业现有的财务系统都是基于纸质发票开发的。如果全面实施电子发票，则需要重新开发软件，这对于一些中小企业来说是一个巨大的工作量。

4.报销流程不方便：部分员工在出差或报销费用时，需要等待管理人员输入个人信息或手动输入发票信息，操作繁琐。

5.与传统纸质发票并行：在某些领域，电子发票不是强制性的，而是采用传统纸质发票与电子发票并行的方式。

电子发票有什么优点？

1、电子发票能为企业节省许多打印的成本。

2、电子发票系统有利于企业本身的账务处理，能及时给予企业经营者决策上的支持。3、电子发票在保管、查询及其调阅的时侯，更加方便。

4、电子发票不用进行打印，不仅节省了纸张，也减少了树木的使用，更加环保。